꼭 base64로 인코딩해야하는 것은 아닙니다. rot13 이나 다른 인코딩을 이용해도 됩니다.
하지만 왜 인코딩 하느냐가 질문의 핵심같은데요. 만약 인코딩없이 그대로 php 파일을 가져오게된다면, php 내용이 rendering돼서 php 코드를 가져올 수 없습니다. 때문에 rendering 되지 않게 다른 문자열로 인코딩된 값을 가져와서 따로 디코딩시키는 방법을 이용해 php code leak을 진행할 수 있습니다.