system() 함수는 내부적으로 clone syscall 후 child에서 execve를 수행하는 방식으로 작동합니다.
이때 gdb는 기본적으로 clone/fork 등 작업을 수행하면 child를 따라가는 설정이 적용되어 있어, parent를 따라가고 싶다면 set follow-fork-mode parent를 적용하시면 됩니다.